en GIMP (que es open source) solo pones cada imagen en una capa (layer) y despues la guardas como gif (escogiendo la opcion de animacion) y listo....
Creo que se puede hacer de dos maneras: 1ª con un reproductor a cámara muy lenta -x13 vas haciendo instantáneas que después utilizaras para hacer la secuencia. 2ª abres dos veces el editor Gif , en uno abres el vídeo y vas arrastrando al otro con el ratón los fotogramas que te interesen.